柯爾克孜人最初是崇拜圖騰。有名的圖騰是雪豹和鹿（柯語(yǔ)翻譯為buhu，柯爾克孜族世界著名作家艾特瑪托夫的小說《白輪船》講述的也是跟母鹿有關(guān)）。除此，還信仰“烏買”女神（umai ene）。信奉祖先和天神，他們朝南方禱告，崇拜太陽(yáng)，認(rèn)為火星不吉利。到了清代，才轉(zhuǎn)信伊斯蘭教，屬于正統(tǒng)的遜尼派。柯爾克孜族絕大部分人信仰伊斯蘭教。他們?cè)缭?6世紀(jì)中葉就已經(jīng)開始信奉伊斯蘭教了。他們信仰伊斯蘭教遜尼派的哈納菲派。禮拜寺是教徒活動(dòng)的主要場(chǎng)所。禮拜寺多數(shù)建在城市。教規(guī)五功：“念功”、“拜功”、“課功”、“齋功”、“朝功”。